En el metencéfalo podemos hallar 2 estructuras principales:
Protuberancia
Los núcleos en la protuberancia (del latín que significa puente) forman un puente con las aferencias del cerebelo hacia el resto del encéfalo.
El puente troncoenfefálico es la parte más abultada del tronco del encéfalo, motivo por el cual también recibe el nombre de protuberancia anular. Está situado entre las otras dos estructuras anatómicas principales de esta porción del encéfalo; por su parte superior, limita con el mesencéfalo, mientras que su borde inferior está en contacto con el bulbo raquídeo
La protuberancia anular está formada por un conjunto de núcleos, consistentes en grupos de neuronas asociadas que se encargan de funciones similares. Son los siguientes:
Núcleo motor somático abductor
Un núcleo de neuronas vinculado al par craneal conocido como nervio abducens, encargado del movimiento de la abducción del ojo.
Núcleo motor especial del trigémino
Las funciones de este núcleo tienen que ver con el nervio trigémino, y consisten básicamente en movimientos viscerales.
Núcleo motor especial del facial
Al igual que el anterior, este se encarga de ciertos movimientos viscerales.
Núcleo salivatorio superior
Las funciones de este núcleo son vegetativas, y por tanto automáticas.
Cerebelo
Aunque el cerebelo no forme parte del tronco encefálico, si que forma parte del metencéfalo por lo que lo explicaremos aquí.
Se trata de una de las estructuras más características del encéfalo posterior, esta estructura produce por encima del centro de tronco encefálico, y su superficie se reúne en pliegues estrechos o láminas o folias, como los giros y los surcos de la corteza pero más pequeños. En la base del cerebelo hay varios núcleos que envían conexiones a otras partes del cerebro.
El cerebelo evolucionó en tamaño en forma paralela a la neocorteza y contiene aproximadamente cuatro veces más neuronas que la corteza cerebral, pero estas se encuentran mucho más densamente empaquetadas y por eso su tamaño es mucho menor.
Al igual que en la neocorteza, en el cerebelo también podemos hallar sustancia blanca y sustancia gris. En el cerebelo esta sustancia se posiciona de una manera muy característica llamada el árbol de la vida, pues la sustancia blanca se ramifica por el interior de la sustancia gris creando una estructura muy parecida a un árbol.
El cerebelo desempeña un papel en la coordinación motora y el aprendizaje, además puede participar en la coordinación de otros procesos mentales. El daño del cerebelo produce problemas de equilibrio, defectos posturales y deterioros de la actividad motora fina.
Las partes del cerebelo que reciben la mayoría de sus impulsos del sistema vestíbular (receptores sensitivos para equilibrio y movimiento localizados en el oído medio) ayudan a mantener el equilibrio corporal. Las partes que reciben impulsos principalmente de los receptores sensitivos en el tronco del cuerpo y las extremidades controlan los reflejos posturales y coordinan los grupos musculares funcionalmente relacionados.
(Arbol de la vida)
El rombencéfalo es una porción de encéfalo que rodea al cuarto ventrículo cerebral. Se encuentra localizado en la parte inmediatamente superior de la médula espinal 
Los núcleos en la protuberancia (del latín que significa puente) forman un puente con las aferencias del cerebelo hacia el resto del encéfalo.
Se trata de una de las estructuras más características del encéfalo posterior, esta estructura produce por encima del centro de tronco encefálico, y su superficie se reúne en pliegues estrechos o láminas o folias, como los giros y los surcos de la corteza pero más pequeños. En la base del cerebelo hay varios núcleos que envían conexiones a otras partes del cerebro. 
El cerebelo desempeña un papel en la coordinación motora y el aprendizaje, además puede participar en la coordinación de otros procesos mentales. El daño del cerebelo produce problemas de equilibrio, defectos posturales y deterioros de la actividad motora fina. 
Con una forma semejante a un cono, se trata de la estructura del sistema nervioso que conecta el encéfalo y la médula espinal (de ahí otro de sus nombres, médula oblongada), limitando con la decusación de los haces piramidales y la protuberancia.
Tras varios estudios se llegó a la conclusión de que otra función de formación reticular es controlar el sueño y la vigilia, es decir, mantener el estado de alerta general o conciencia. Por consiguiente, la formación reticular paso a conocerse como sistema activar reticular. El daño de esta área puede producir perdida permanente de la conciencia. 
